據臺灣媒體報道，海峽論壇結束后，臺陸委會宣布將對花蓮、云林、南投、屏東等地多個農會及農漁企業進行行政查處，甚至由臺農業主管部門提供查處意見。國民黨籍民意代表許宇甄批評稱，民進黨當局不幫農漁民找出路，反而忙著斷農民生路；不去找訂單，卻忙著找農民麻煩；不去開拓市場，卻忙著開罰單，質疑其究竟是在照顧農民，還是在整肅農民。

許宇甄表示，臺灣農產品賣得出去，農民有收入，本應是民進黨當局最基本的責任。如今地方政府、農會及農漁企業努力替農民爭取商機，民進黨當局非但沒有給予協助，反而要進行行政調查與政治恫嚇。這種做法猶如看到農民挑著擔子找市場，當局不是幫忙鋪路，而是在路口設路障，令人匪夷所思。

許宇甄批評賴清德當局把兩岸交流當成政治禁區，把農產品銷售當成政治問題。她質疑，這種政治追殺會在基層形成寒蟬效應，今天查農會、查農民團體，明天是不是要查學校、查工商團體等？未來是不是連推銷農產品都要先看政治立場、先向民進黨報備？

許宇甄強調，農民需要的是市場，不是政治；需要的是訂單，不是罰單；需要的是出路，不是封路。若真心照顧農民，就請拿出本事幫農產品找到更好的市場，而不是把公家機器變成打壓農民的工具。

另據報道，臺東縣長饒慶鈴錄制推廣水果的視頻在大陸海峽論壇活動播放后，臺陸委會揚言進行行政查處。國民黨前主席朱立倫表示，饒慶鈴代表農民發聲，應該受到鼓勵與支持。陸委會如果做這樣的事，那就是“陸障隊”，專門制造所有路障，讓兩岸交流受到阻撓。

第十八屆海峽論壇在廈門舉行期間，舉辦了十項促進兩岸交流合作的政策措施對接簽約會。大陸企業與來自臺灣多地的企業和商協會進行簽約，包括采購臺灣一些農漁產品。由于民進黨當局阻撓，饒慶鈴只能改以視頻致辭方式參與此次簽約會，但仍有民進黨政客聲稱將交由主管機關查處。國臺辦發言人陳斌華表示，簽約會使臺灣部分縣市的鳳梨釋迦等農漁產品更為便捷輸入大陸，為臺灣中南部農漁民開拓銷路、增加收入。對于這樣的好事，民進黨當局卻大唱反調，質疑其是否與臺灣的農漁民朋友作對，并指責其揚言要對為果農討生計的縣市長秋后算賬，認為這是“綠色恐怖”、惡人當道。